抑制酶活性
種子在儲藏過程中會進行微弱的呼吸作用，主要由酶催化完成。低溫（通常0-10℃）可顯著降低酶的活性，減緩種子內物質（如淀粉、脂肪、蛋白質）的分解速度，從而減少能量消耗和有害代謝產物的積累。
降低呼吸強度
溫度每降低10℃，種子的呼吸強度可下降50%-70%。低溫環境使種子進入“半休眠”狀態，呼吸作用減弱，減少水分和營養物質的損耗，延緩種子老化。
抑制微生物活動
低溫可抑制霉菌、細菌等微生物的生長繁殖，降低種子發霉、腐爛的風險，尤其適用于含水量較高的種子（如蔬菜種子）。
延緩脂質氧化
種子中的脂肪在儲藏過程中易氧化酸敗，產生自由基和醛類物質，損害種子細胞結構。低溫能減緩脂質氧化反應，保護種子膜系統的完整性。